Fængslet foregår i 1980´erne. Under et indbrud i en villa nord for København støder tre halvvoksne drenge på liget af en myrdet kvinde. De flygter, men efterlader sig alt for mange spor… Politiet finder frem til dem, de anholdes og sigtes for drab.
De tre store drenge varetægtsfængsles, skilles fra hinanden og oplever turen gennem retssystemet og fængselsmaskineriets nådesløse kværn på hver deres måde. Alene med tankerne, i skumle forhørslokaler og beskidte isolationsceller. På gårdture med voldsparate og hadefulde medfanger, hvor frygten for morgendagen trives i et uforeneligt samspil med håbet, der lever hos familierne derude.
Fængslet udkom i 1989 og er Jørn Jønke Nielsens første roman, skrevet i kølvandet på bestselleren Jønke Mit Liv. En socialrealistisk spændingsroman fra en forfatter, der har et indgående kendskab til en verden og et miljø, som kun de færreste har kendskab til.